クロイワトカゲモドキは全長140~190mmです。沖縄島、古宇利島、瀬底島、伊江島に分布しています。渡嘉敷島、阿嘉島に亜種ケラマトカゲモドキ(Goniurosaurus kuroiwae sengokui)、渡名喜島にマダラトカゲモドキ(Goniurosaurus kuroiwae orientalis)、伊平屋島に亜種イヘヤトカゲモドキ(Goniurosaurus kuroiwae toyamai)、久米島に亜種クメトカゲモドキ(Goniurosaurus kuroiwae yamashinae)、が分布しています。また徳之島に別種となったオビトカゲモドキ(Goniurosaurus splendens)が分布しています。
低地から山地の森林に生息しています。夜行性で、主に地上で活動します。ヤスデなど土壌動物を捕食します。トカゲモドキ科はヤモリ上科に属しますが、ヤモリとはまぶたを閉じることができる点で異なります。